Non so se lo hai già fatto, ma ti consiglio di provare le seguenti utility per ottimizzare le performance della tua Sam:
Sam440ep_setup : http://os4depot.net/share/utility/shell/sam440ep_setup.lha
HyperClock : http://www.soft3dev.net/pages/hyperclock.php
e se necessario, aggiornare U-Boot:
U-Boot 1.3.1d per flex : http://www.acube-systems.biz/download/Sam440ep-flex_updater_20110215.zip
Per le due utility, ti conviene provare prima Sam440ep_setup, verificare bene che il tuo sistema sia stabile e poi eventualmente provare HyperClock.