Installare OS 3.9 con WinUAE è diventato molto più semplice e sbrigativo che farlo su un AMiGA Reale. Per installare OS 3.9 in maniera corretta bisogna partire dal WB3.0 o 3.1, poi installare OS 3.5 e infine OS 3.9. Naturalmente non è possibile installare OS 3.9 partendo direttamente da WB 3.0 o 3.1 (salvo non si avvii l'Amiga tramite Floppy Emergenza 3.9) questo perchè l'installazione non risulterebbe corretta e il Workbench mostrerebbe le Icone del sistema in grigio (senza colori).
Oltre a quanto citato esiste anche la possibilità di installare OS 3.9 partendo direttamente da CD, QUI trovate un bel tutorial che passo passo vi spiegherà come fare, naturalmente più comoda è veloce da farsi su WinUAE. In poche parole bisogna avviare WinUAE dal CD di OS 3.9 che deve essere caricato due volte, una volta come HD e una seconda volta come floppy con Priorità di Boot 1 (il floppy sarà la cartella "Emergency-Disk") contenuta nel CD. Fatto questo una volta avviato il sistema bisognerà chiudere il request che chiede l'inserimento del floppy, poi una volta caricato il Workbench (rimarrà aperta una Shell che servirà in seguito) si procederà per la creazione del Floppy di Emergenza.
Una volta installato il Floppy di Emergenza, dalla Shell rimasta aperta si lancerà il comando "protect df0:#? +wd all" per eliminare le protezioni da tutti i file, a questo punto il floppy per installare OS 3.9 sarà pronto per l'uso.
Naturalmente questo floppy lo si potrà usare anche su un AMiGA reale per installare direttamente OS 3.9 su HD ma il floppy va completato con i file di sistema che nel caso di WinUAE vengono letti dal CD/HD.